이번 그레서는 국내 바이오니아 primer 주문하는 법을 살펴보고자 한다.
용도는 PCR용이고 주문하고자 하는 유전자는 TP53 primer라고 가정하자.
1. primer 주문을 위해 먼저 바이오니아 접속하기
1.1 바이오니아 홈페이지로 간다
구글 검색이나 네이버 검색을 통해 바이오니아를 입력하여 홈페이지로 접속한다.
오른 쪽 상단에 로그인 아이콘을 클릭하여 로그인 한다.
가입이 안 되어 있으면 회원가입 한 후 로그인한다.
1.2 DNA Oligo를 클릭한다
Oligo Synthesis 올리고 합성으로 클릭한다. 여러 종류를 주문할 수 있지만, 대표적으로 PCR용으로 사용하는 DNA Oligo 아이콘을 클릭하면 다음 페이지가 보인다.
1.3 Priority를 선택한다: Standard 또는 Next day
조금 빨리 받고 싶을 때 Next day (오후 5시까지 주문한 35base 이하의 Oligo만 Service 가능하며 주문 다음날 오전 10시~오후 6시 사이에 수령가능하다고 하나 변동사항이 있을 수 있으니, 문의하여 이용하는 게 좋을 것이다)를 선택하나, 대개는 Standard를 선택한다.
BioRP 정제시 : 1~2일 정도 걸리고, HPLC, PAGE 정제시 : Modification 포함 3~4일 정도 걸린다고 한다.
2. 주문 정보를 기입한다
2.1 primer 주문자의 정보를 입력한다
Contact Person Name [실수령자] 를 입력한다
Contact Mobile Phone 입력한다
Comments [합성/분석 관련 요청사항]을 기입한다.
2.2 정확한지 다시 한번 확인하자
잘못 기입할 경우 엉뚱한 곳으로 소중한 primer가 배송될 수 있으니 잘 확인하자
3. primer 정보를 입력한다
제일 중요한 부분이다.
앞선 글에서 설명하여 확보한 primer 서열 정보를 입력하는 단계다.
3.1 DNA Oligomer information 입력하기
아래는 그 이미지다.
입력란이 1개인데 추가하여 기입한다.
3.2 TP53 Forward, Reverse 서열을 입력한다
예시로 TP53 서열 Forward, Reverse 를 입력해 본다.
주의해야 할 것은 Forward, Reverse 서열은 반드시 5′ —>3′ 방향으로 기입해야 한다는 점이다.
오른쪽 Check를 클릭하면 입력한 각 서열의 Tm 값과 length 가 도출되어 확인할 수 있다
바이오니아에서 제공하는 TM Calculator 링크다.
3.3 Primer scale을 입력한다
주문하는 서열을 어느 정도로 합성할지 scale을 입력하는 란이다.
여기에서 합성 Scale이란?
DNA 합성scale은 최종 공급받는양이 아닌 합성 출발물질의 양을 의미한다. 염기서열의 길이, 염기조성, 합성 효율, 정제 효율 등에 따라 공급받는 올리고의 양은 합성scale보다 적게 제공이 되며, 염기서열이 길어질수록 base coupling 및 deprotection, 정제 수율이 급격히 떨어지므로 길이가 길어질수록 올리고양은 더 줄어들게 된다고 한다.
이 양은 연구자의 실험 목적에 따라 다르다. 테스트 목적이라면 최소 scale로 대량으로 사용해야 할 경우 scale을 늘려 선택하면 된다.
나의 경우 PCR용으로 테스트 할 것이기에 최소 scale 25nmole로 선택했다.
3.4 Purification 방식을 입력한다
Scale 항복 옆에 보면 Purif 라는 항목이 보인다.
이는 주문하고자 하는 Primer 의 정제 방법을 선택하는 것이다.
바이오니아에서는 COVID-19 및 Influenza A&B 관련 Primer & Probe는 반드시 HPLC 정제를 선택,
Sequencing, Cloning 실험용 primer는 PAGE 정제를 권고하고 있다.
자신의 실험 목적에 맞게 선택하면 된다.
필자의 경우 PCR 용으로 HPLC 방식을 사용한다.
참고로, 서열이 많을 경우, “excel file upload”를 사용할 수 있다. 대량 주문할 경우 편리하며, 각 oligo마다 원하는 scale과 purification 방법이 다른 경우에 도 사용할 수 있다.
- excel form file을 download하여 oligo에 대한 사항을 작성한 후에 upload하면 적용되어 주문 page 에 table 형식으로 표시된다.
- modification이 있을 경우 바이오니아의 표시 방법을 적용하거나, upload한 후에 table에서 하나씩 지정할 수 있다.
4. 주문 하기
4.1 장바구니에 추가 클릭
4.2 최종 검토 후 주문하기
위에서 설명한 사항들을 꼼꼼히 확인후 장바구니에 추가한 후
배송지, 결제 등을 확인 후 주문하면 된다.
가장 중요한 정보는 서열 입력임을 유의하기 바란다.
서열의 방향성 (Forward, Reverse)과 서열 정보를 잘못 기입하면,
다시 주문해야 하는 그래서 실험이 더 늦어지게 되는 불상사를 경험하게 될 것이기 때문이다.
서열은 기입한 후 다른 동료와 크로스 체크 (cross check) 하는 방법을 제안하는 바이다.
이것으로 바이오니아 Primer 주문하기 4단계 설명을 마무리한다.
주문 후 수정 사항 등은 담당자와 전화 통화를 통해 수성하는 것이 가장 빠른 길이다.
끝까지 읽어 주셔서 감사드린다.