primer design (6): Primer-BLAST를 이용하기

“초이야, 배고픈데, 밥 먹고 하자!” 마음 같아선 빨리 프라이머 디자인을 끝내고 싶었지만, 갑자기 배에서 꼬르륵 소리가 나자 민이 말한다.

“네에, 선배님!”

“내가 살게, 라면 괜찮지?”

“음, 전 그냥 밥 먹을게요, 선배님.”

“왜? 내가 산다니까?”

“전, 밥이 편해서요…”

“그래? 나중에 딴 소리 하지 마라?! 고마워서 사준다고 하니깐 싫다고 한 건 너다!”

“……”

“왜, 대답이 없어?”

“네에, 걱정마세요.”

……..

식사가 끝나고, 민이는 초이에게 잠시 밖에 나갔다 오겠다고 먼저 랩에 들어가라고 하고는,

잠시후, 에스비 아이스 커피를 마시며, 초이 자리로 온 민이는

“자, 이제 계속해 보자!”

“네에…선배님 타겟 유전자가 p53이라고 하셨죠?”

“알면서, 뭘 묻니?” “떠보는 얘긴 딱 질색이라니까!”

“…….” “아, 그렇시군요. “

초이는 조용히 마우스로 NCBI 사이트로 들어가 Primer-BLAST를 클릭한다.

Primer-BLAST 사용해 봐요

Primer-BLAST
Primer-BLAST

또 다른 NCBI 사이트에서 Gene으로 들어가더니, “Homo sapiens p53″를 입력하고 Enter를 누른다.

그러자, 다음과 같은 p53 gene 정보가 나타났다. 링크는 아래와 같았다: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157

“여기에 mRNA 서열이 있어요. 하나 선택해 볼게요”:

“그러면 오른쪽 편에 ‘Analyze this sequence‘ 부분이 있는데, 그 중 ‘Pick Primer‘가 있어요. 클릭해 볼게요.

그러면, 이 서열에 대한 프라이머 디자인 조건을 입력할 수 있어요. 이전에 말했던 여러 조건을 고려해서 입력란에 입력하고 클릭해 주면 되는데요, 전 그냥 default 값으로 하고, ‘Get Primers‘ 를 클릭해 볼게요.”

새 창이 열리면서, 화면이 정지한 것처럼 보였다.

“아직 멀었어?” 민이 초조해하며 말했다.

“아마도 p53이 까다로운가 봐요” 초이가 말했다.

잠시후 화면이 뭔가로 꽉 찬 화면이 보였다.

“다 된 거야? 끝난 거지?”

“프라이머가 여러 세트로 제시되었네요. 이 중 어떤 것으로 하시겠어요? 조금 살펴보시고….”

“됐어. 그냥 알아서 하나 골라 봐.” 민이 딱 잘라 말했다. ‘오늘 안에 해야한다구!’ 생각하면서.

“하지만…” 초이가 망설이자,

“그냥 맨 첫번 째 걸로 할래, 그럼 이제 주문하면 돼지?” 민이가 손가락으로 ‘Primer pair 1’를 가리키며 말했다.

“….네, 선배님, 그럼 이 프라이머 세트로 할게요.” 초이의 얼굴이 살짝 일그러졌지만, 다시 미소를 지으며 말했다.

“좋았어!!” 민이는 다소 안심하며 크게 말했다. ‘이제 다 됐다’ 생각하면서…

(계속……)


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