isoform을 가진 유전자의 프라이머 디자인 10단계

SYBR Green을 사용한 real-time PCR에서 primer의 길이는 일반적으로 18~24 base가 적합하다. SYBR Green은 PCR 증폭물을 검출하는 데 사용되는 DNA 결합 염료로, 특정한 서열이 아닌 이중 가닥 DNA 사이에 끼어들어간다. 따라서, SYBR Green을 사용하는 real-time PCR에서는 primer의 특이성이 매우 중요하다. SYBR Green을 사용한 real-time PCR의 최적화를 위해 필요한 조건 SYBR Green을 사용한 real-time PCR의 최적화를 위해 … Read more

바이오니아 primer 주문하기 4단계

이번 그레서는 국내 바이오니아 primer 주문하는 법을 살펴보고자 한다. 용도는 PCR용이고 주문하고자 하는 유전자는 TP53 primer라고 가정하자. 1. primer 주문을 위해 먼저 바이오니아 접속하기 1.1 바이오니아 홈페이지로 간다 구글 검색이나 네이버 검색을 통해 바이오니아를 입력하여 홈페이지로 접속한다. 오른 쪽 상단에 로그인 아이콘을 클릭하여 로그인 한다.가입이 안 되어 있으면 회원가입 한 후 로그인한다. 1.2 DNA Oligo를 … Read more

16s rRNA v3-v4 primer란?

이번 글에서는 16s rRNA v3-v4 primer에 대해 다루어 보고자 한다. 1. 마이크로바이옴이란? 마이크로바이옴 때로 미생물총 microbiome은 인체 피부, 장과 환경을 포함하여 우리 주변에 존재하는 작은 유기체 집합으로 다양한 생태계에서 중요한 역할을 하며 우리의 건강에 긍정적인 영향 뿐만 아니라 부정적인 영향도 미칠 수 있다. 이러한 미생물을 연구하고 그 다양성을 이해하는 것은 과학자들에게 중요한 주제가 될 수 … Read more

Primer dimer 원인 3가지

이번 글에서는 프라이머 다이머가 왜 생기는지 Primer dimer 원인에 대해 살펴보겠다. 1. Primer dimer란? 프라이머 이량체, 프라이머 다이머 (primer dimer)는 중합효소 연쇄 반응(PCR) 증폭 과정 중에 형성될 수 있는 비특이적 산물이다. 한 마디로 원하지 않는 산물인 것이다. 정방향 및 역방향 프라이머가 표적 DNA 주형에 결합하는 대신 서로 어닐링하여 프라이머-프라이머 복합체의 확장 및 증폭이 발생할 때 … Read more

primer design (7): 프라이머 주문

primer design의 마무리 단계 벌써 해가 지고 있었다. “프라이머 디자인 primer design은 다 했으니,” “이제, 프라이머 주문해 볼게요” 초이는 목이 말라 잠시 물을 한 모금 마시며, 말을 이어갔다. “RT-PCR 실험용 프라이머를 주문하려면 일반적으로 많이 사용하는 평판이 좋은 프라이머 합성 회사를 선정해서, 디자인한 프라이머 시퀀스를 제공하고, 주문해요. 일반적으로 사용하는 프라이머 합성 회사 리스트와 프라이머 주문 방법을 … Read more

primer design (6): Primer-BLAST를 이용하기

“초이야, 배고픈데, 밥 먹고 하자!” 마음 같아선 빨리 프라이머 디자인을 끝내고 싶었지만, 갑자기 배에서 꼬르륵 소리가 나자 민이 말한다. “네에, 선배님!” “내가 살게, 라면 괜찮지?” “음, 전 그냥 밥 먹을게요, 선배님.” “왜? 내가 산다니까?” “전, 밥이 편해서요…” “그래? 나중에 딴 소리 하지 마라?! 고마워서 사준다고 하니깐 싫다고 한 건 너다!” “……” “왜, 대답이 없어?” “네에, … Read more

primer design (4): template이란?

계속해서 초이는 프라이머 디자인primer design을 해서 프라이머가 사용되는 경우를  설명해 주었다. 초이는 먼저, PCR이라고 하는 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction, PCR)에다양한 주형이라고 부르는 템플릿 template이 사용될 수 있다고 덧붙였다. PCR에서 주형(template)은 증폭되는 DNA 서열이다. 프라이머 결합 부위와 PCR의 시작점을 제공한다. 증폭은 내열성 Taq DNA 폴리머라제 효소에 의해 이루어진다. Genomic DNA, plasmid DNA, cDNA 또는 … Read more

primer design (3): 프라이머란?

민은 초이와 함께 초이 컴퓨터 앞에 나란히 앉아 모니터를 바라보고 있다. 초이는 primer design에서 프라이머에 대해 찬찬히 설명해 준다. “알어, 알어, 그렇지, 맞아~아는 얘기야” 민은 초이 설명 중간 중간에 맞장구를 치며, 이미 알고 있는 내용이라고 재차 말한다. primer design에서 프라이머란? ” 프라이머는 간단히 말해서 DNA 합성의 시작점이 되는 짧은 유전자 서열 조각이에요. 중합효소연쇄반응(PCR), DNA 서열분석(sequencing) … Read more

primer design (2): 초이야 수고했어

이전 글 primer design 하라고? PCR 프라이머 쥐어 짜기 민은 1학기 먼저 입학했다며 그 동안 초이에게 선배 티를 팍팍낸다. 그러던중 지도 교수 K는 민에게 논문에 필요한  PCR용 primer design 하라고 하고, 민이 이 일이 생각보다 쉽지 않음을 느끼던 차에. 초이가 이전 연구실에서 주로 프라이머를 디자인하고 PCR을 했다는 것을 건너 건너 들어 알게 되고,  민은 초이에게 그 전과 달리 살갑게 대하는데… 초이야 수고 했어, 이거 … Read more

primer design (1): 초이와 민이 만나다!

‘초이’의 신생랩 생활 여기 ‘초이’의 신생랩 생활을 따라가 보자. 1학기 늦게 입학한 초이, 선배 민을 만나 랩 생활을 같이 하게 된다. 여기에서 primer의 정의, primer design 하는 법에서 주문하는 방법에 대해 눈 요기 해 보자. 초이의 primer design 도전기 초이는 살짝 긴장되었다. 학부 졸업 후 6개월간  oo 연구소에서 보조 연구원으로 일하다 한계를 느껴 공부를 더 … Read more