이번 시간에는 Real-time PCR과 파레토법칙에 대해 생각해 보고자 한다.

간단한 듯 까다로운 Real-time PCR

Real-time PCR은 실시간으로 PCR 산물의 생성을 형광을 통해 감지하여 시료 내에 존재하는 특정 유전자의 상대적 양을 분석하는 실험 기법이다.

여기에는 Taqman기반 또는 SYBR기반 Real-time PCR이 주로 사용되는데, 특히 SYBR 기반 Real-time PCR은 Taqman 기반법에 비해 비교적 저렴하고 쉽게 접근하여 분석할 수 있기 때문으로 보인다. 그렇다고, 눈 감고 결과가 뚝딱 나온다는 얘기는 아니다.

Real-time PCR의 주요 단계는 아래와 같다.

특정 유전자의 Primer 디자인/준비, RNA 추출/농도/순도측정, cDNA합성/PCR, 데이터 수치 분석으로 나눌 수 있다.

특히 cDNA 합성/PCR은 각각을 수행할 수도 있고, one-step qPCR로 진행할 수 있다.

후자의 경우는 RNA 양이 너무 적을 경우 (ng 수준)에 적용하는 경향이 많다.

Real-time PCR과 관련한연구자들의 질문 유형을 살펴 보면 아래와 같다.

가장 많이 궁금해하는 것은 아래 표와 같이 Primer, cDNA, Ct, RNA 농도, melting, RNA 추출, 전기영동, Tm, 결과해서, RNA 순도 순으로 나타났다.

파레토 법칙이란?

파레토 법칙이란 ‘80 대 20 법칙’ 또는 ‘2 대 8 법칙’ 이라고 한다. 전체 결과의 80%가 전체 원인의 20%에서 일어나는 현상을 가리킨다.
이 용어를 경영학에 처음으로 사용한 사람은 품질경영 전문가인 조셉 주란(Joseph M. Juran)으로 “이탈리아 인구의 20%가 이탈리아 전체 부의 80%를 가지고 있다.”고 주장한 이탈리아의 경제학자 빌프레도 파레토(Vilfredo Federico Damaso Pareto)의 이름에서 따왔다. 예를 들어, 20%의 고객이 백화점 전체 매출의 80%를 쇼핑하는 현상을 설명한다. (지형 공간정보체계 용어사전, 2016. 1. 3., 이강원, 손호웅)

쉽게 생각해 보자. 내 일 중의 20%가 80%의 수입을 결정한다는 것이다.

Real-time PCR과 파레토법칙

그렇다면, Real-time PCR에서 파레토법칙이 적용될까 궁금해진다.

즉, Real-time PCR 전체 과정 중 20%에 해당하는 단계가 나머지 80%의 결과를 결정한다고 생각해 볼 수 있을까. 만약 그렇다면, 어떤 단계가 될까?

정확한 수치적으로 구분하지는 않는다고 해도 이번 글을 통해 Real-time PCR 전 단계에서 중요한 단계는 무엇일까 생각해 보자는 것이다.

개인적으로 Real-time PCR의 중요 단계는 바로 Primer 디자인/준비와 RNA 추출 (농도, 순도) 단계라고 생각한다. 첫 단추를 잘 끼워야 좋은 결과로 이어지는 것이다. 잘못 디자인한 Primer, 잘못 추출한 RNA로 좋은 결과를 낼 수는 없을 것이기 때문이다.

결과적으로 우리는 Primer 디자인과 RNA 추출 단계에 좀 더 신중해야 할 것이라 생각한다.