이번 글에서는 Primer Database인 PrimerBank에 대한 설명과 PrimerBank사용법을 TP53을 예로 간략하게 살펴보고자 한다. 실험적으로 검증된 프라이머 은행? PrimerBank 사용법 PrimerBank의 특징과 장점 PrimerBank는 PCR 프라이머에 대한 공개 데이터베이스이다. 이곳에서 제시하는 프라이머는 유전자 발현 분석과 real-time PCR을 위한 것으로 가장 잘 알려진 인간 및 마우스 유전자를 포함하여 약 306,800개 이상의 프라이머 데이터를 제공하고 있다고 한다. 앞선 … Read more
이번 시간에는 Real-time PCR과 파레토법칙에 대해 생각해 보고자 한다. 간단한 듯 까다로운 Real-time PCR Real-time PCR은 실시간으로 PCR 산물의 생성을 형광을 통해 감지하여 시료 내에 존재하는 특정 유전자의 상대적 양을 분석하는 실험 기법이다. 여기에는 Taqman기반 또는 SYBR기반 Real-time PCR이 주로 사용되는데, 특히 SYBR 기반 Real-time PCR은 Taqman 기반법에 비해 비교적 저렴하고 쉽게 접근하여 분석할 수 … Read more
SYBR Green을 사용한 real-time PCR에서 primer의 길이는 일반적으로 18~24 base가 적합하다. SYBR Green은 PCR 증폭물을 검출하는 데 사용되는 DNA 결합 염료로, 특정한 서열이 아닌 이중 가닥 DNA 사이에 끼어들어간다. 따라서, SYBR Green을 사용하는 real-time PCR에서는 primer의 특이성이 매우 중요하다. SYBR Green을 사용한 real-time PCR의 최적화를 위해 필요한 조건 SYBR Green을 사용한 real-time PCR의 최적화를 위해 … Read more
이번 글은 Primer design 문제점과 솔루션 베스트 10가지를 공유해 보고자 한다. Primer 문제점과 솔루션 베스트 10가지 1. 비특이적 증폭 Non-specific amplification Primer design 문제점에서 비특이적 증폭은 Primer3 또는 NCBI-BLAST에서 제공하는 온라인 primer design 소프트웨어를 사용하여 잠재적인 비표적 결합에 대한 프라이머 서열을 확인하여 이들은 배제하는 것이 좋다. 프라이머 길이, GC 함량을 조정하고 템플릿에서 반복적이거나 복잡성이 낮은 … Read more
프라이머 primer와 관련하여 종종 생기는 궁금증들을 Q&A로 정리해 보았다. 1. 공통 또는 범용 프라이머 (Universal primers)란? 공통 범용 프라이머 universal primers는 복제와 같은 분자 생물학 기술에 일반적으로 사용되는 짧은 DNA 서열을 말한다. 이 프라이머는 높은 수준의 특이성을 가지며 DNA 주형의 보존된 영역에 결합하도록 설계되었다. 일반적으로 많이 사용되는 세 가지 범용 프라이머는 T7, SP6 및 M13이다. … Read more
primer design의 마무리 단계 벌써 해가 지고 있었다. “프라이머 디자인 primer design은 다 했으니,” “이제, 프라이머 주문해 볼게요” 초이는 목이 말라 잠시 물을 한 모금 마시며, 말을 이어갔다. “RT-PCR 실험용 프라이머를 주문하려면 일반적으로 많이 사용하는 평판이 좋은 프라이머 합성 회사를 선정해서, 디자인한 프라이머 시퀀스를 제공하고, 주문해요. 일반적으로 사용하는 프라이머 합성 회사 리스트와 프라이머 주문 방법을 … Read more
“초이야, 배고픈데, 밥 먹고 하자!” 마음 같아선 빨리 프라이머 디자인을 끝내고 싶었지만, 갑자기 배에서 꼬르륵 소리가 나자 민이 말한다. “네에, 선배님!” “내가 살게, 라면 괜찮지?” “음, 전 그냥 밥 먹을게요, 선배님.” “왜? 내가 산다니까?” “전, 밥이 편해서요…” “그래? 나중에 딴 소리 하지 마라?! 고마워서 사준다고 하니깐 싫다고 한 건 너다!” “……” “왜, 대답이 없어?” “네에, … Read more
계속해서 초이는 프라이머 디자인primer design을 해서 프라이머가 사용되는 경우를 설명해 주었다. 초이는 먼저, PCR이라고 하는 중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction, PCR)에다양한 주형이라고 부르는 템플릿 template이 사용될 수 있다고 덧붙였다. PCR에서 주형(template)은 증폭되는 DNA 서열이다. 프라이머 결합 부위와 PCR의 시작점을 제공한다. 증폭은 내열성 Taq DNA 폴리머라제 효소에 의해 이루어진다. Genomic DNA, plasmid DNA, cDNA 또는 … Read more
민은 초이와 함께 초이 컴퓨터 앞에 나란히 앉아 모니터를 바라보고 있다. 초이는 primer design에서 프라이머에 대해 찬찬히 설명해 준다. “알어, 알어, 그렇지, 맞아~아는 얘기야” 민은 초이 설명 중간 중간에 맞장구를 치며, 이미 알고 있는 내용이라고 재차 말한다. primer design에서 프라이머란? ” 프라이머는 간단히 말해서 DNA 합성의 시작점이 되는 짧은 유전자 서열 조각이에요. 중합효소연쇄반응(PCR), DNA 서열분석(sequencing) … Read more
이전 글 primer design 하라고? PCR 프라이머 쥐어 짜기 민은 1학기 먼저 입학했다며 그 동안 초이에게 선배 티를 팍팍낸다. 그러던중 지도 교수 K는 민에게 논문에 필요한 PCR용 primer design 하라고 하고, 민이 이 일이 생각보다 쉽지 않음을 느끼던 차에. 초이가 이전 연구실에서 주로 프라이머를 디자인하고 PCR을 했다는 것을 건너 건너 들어 알게 되고, 민은 초이에게 그 전과 달리 살갑게 대하는데… 초이야 수고 했어, 이거 … Read more
