primer design (3): 프라이머란?

민은 초이와 함께 초이 컴퓨터 앞에 나란히 앉아 모니터를 바라보고 있다.

초이는 primer design에서 프라이머에 대해 찬찬히 설명해 준다.

“알어, 알어, 그렇지, 맞아~아는 얘기야”

민은 초이 설명 중간 중간에 맞장구를 치며, 이미 알고 있는 내용이라고 재차 말한다.

primer design에서 프라이머란?

” 프라이머는 간단히 말해서 DNA 합성의 시작점이 되는 짧은 유전자 서열 조각이에요.

중합효소연쇄반응(PCR), DNA 서열분석(sequencing) 등에 사용되거든요.

이러한 과정에 프라이머가 필요한 이유는 DNA 복제 과정에서 작용하는 DNA 중합효소(polymerase)가

이미 존재하는 유전자 가닥에 새로운 뉴클레오티드 (nucleotide)를 결합시키는 역할을 하기 때문이래요.

DNA중합효소는 프라이머의 3’말단에서 시작하여 반대편 가닥(strand)을 복제하거든요.

많은 경우의 DNA 복제 과정에서 DNA합성에 이용되는 프라이머는 짧은 가닥의 RNA인데요.

그러나, 분자생물학 분야에서 중합효소연쇄반응(PCR), DNA 서열분석(sequencing)등 DNA중합효소가 이용되는 실험과정에 합성 프라이머를 사용해요.

“일반적으로 실험에 사용되는 합성 프라이머는 화학적으로 합성된 올리고 뉴클레오티드로 대개 20∼30개의 염기 쌍 (base pairs) 길이로 만들어요”

하고 초이는 프라이머에 대한 설명을 마무리한다.

“으응, 안다니까!” 민은 다소 신경질적으로 답한다.

“그래서, 그 다음은??” 민의 마음은 급하다.

K가 이번주까지 프라이머를 짜고 주문하라고 했기 때문이다.

(계속….)

참조